No relatório em que detalha a atuação de políticos do PMDB da Câmara como uma organização criminosa, a Polícia Federal divide o grupo em quatro núcleos cujos integrantes possuem funções específicas. Para os investigadores, esses núcleos atuavam com divisão de tarefas e de forma compartimentada, mas de maneira harmônica e com interdependência. São elencados o núcleo político/gerencial, o administrativo, o empresarial/econômico e o operacional/financeiro.

De acordo com a PF, o núcleo político/gerencial determinava a nomeação de nomes do núcleo administrativo para posições de chefia ou relevância em cargos públicos. Esse indicados tinham que aceitar as relações criminosas com o núcleo econômico/empresarial para viabilizar o desvio de recursos públicos. Após os desvios, diz a PF, os integrantes do núcleo operacional/financeiro atuavam para efetuar os repasses de vantagens indevidas aos nomes do núcleo político/gerencial.

Sobre os núcleos, os investigadores apontam que o político/gerencial era formado por parlamentares e pessoas ligadas a eles. O administrativo era composto por pessoas colocadas em cargos do corpo técnico de órgãos públicos. Empresários e executivos de grandes empresas nacionais formavam o núcleo empresarial/econômico e operadores que atuavam como "instituições financeiras clandestinas" compunham o núcleo operacional/financeiro.

Para a PF, a organização criminosa do PMDB da Câmara identificada na investigação atuou não só na Petrobras, mas também em outros órgãos públicos como a Caixa Econômica Federal, Câmara dos Deputados e Ministério da Agricultura. No entendimento dos delegados, embora as tarefas fossem divididas de forma estruturada, o núcleo político/gerencial tinha ascendência sobre os demais de forma a orientar os que faziam a captação de recursos dos empresários e fazer os valores circularem para financiar o grupo.

Procurada, a assessoria do PMDB não respondeu até a publicação da reportagem.