Após a realização das provas, o consórcio aplicador do Enem recebe os malotes, e as equipes separam e digitalizam o cartão-resposta e a folha da redação de cada candidato. Todo o processo é monitorado por câmeras de segurança em tempo integral. Serão corrigidas somente as respostas efetivamente marcadas no Cartão-Resposta, sem emendas ou rasuras, com caneta esferográfica de tinta preta fabricada em material transparente.  

Mesmo com os gabaritos das provas em mãos, ainda não será possível saber qual foi a nota da prova. Isso porque o Enem utiliza como método de correção a chamada teoria de resposta ao item (TRI). As notas variam de acordo com os acertos e erros dos alunos em cada prova.   

O sistema é conhecido como método antichute. Na prova objetiva do Enem, a nota não é calculada levando em conta somente o número de questões corretas, mas também a coerência das respostas do participante ao conjunto das questões que formam a prova, ou seja, é esperado que um estudante que acerte questões muito difíceis, acerte também as muito fáceis.  

Se isso não acontecer, o sistema pode entender que ele chutou e, por isso, pontuará menos nessa questão do que candidatos que tenham mantido certa coerência esperada. A recomendação de professores é, portanto, que os estudantes garantam as questões fáceis e médias das provas antes de dedicar mais tempo às difíceis, para assegurar a coerência.  

Outra característica da TRI é não ter um limite inferior ou superior padrão entre as áreas de conhecimento. Isso significa que as proficiências dos participantes não variam entre zero e mil. Os valores máximos e mínimos de cada prova dependerão das características dos itens selecionados.