O Tribunal de Contas do Paraná apontou irregularidades nas contas da Unioeste referente a 2015. Durante sessão, foi determinado que a instituição elimine cargos comissionados irregulares e o reitor Paulo Sérgio Wolff, levou duas multas.

O TCE avalia que os reitores não tem autonomia para criar cargos comissionados sem que haja uma lei estadual para isso.

De acordo com o relator Fernando Guimarães, existe um processo para a aprovação de leis para regularizar as nomeações, mas na Unioeste as nomeações aconteceram em duplicidade. O relator orientou ainda que o Governo do Estado não conceda prorrogação de prazos referentes ao assunto.

Uma lei em vigor desde janeiro de 2017 determina a extinção de 98 cargos somente na Unioeste. A justificativa da universidade foi a demanda de trabalho do Hospital Universitário, o TCE afirma que a demanda não justifica a ausência de lei ordinária e previsão na lei de responsabilidade fiscal.